Nació D.Juan Manuel de Moscoso y Peralta el día 6 de enero de 1723 en la ciudad peruana de Arequipa, imponiéndosele además del nombre ya indicado, los nombres de Melchor, Gaspar y Baltasar. Fueron sus padres el Maestre de Campo y Alférez Real D.José de Moscoso y Gegarra y Dª Antonia Peralta y Arancibia.

Arequipa, ciudad noble y hermosa
del gran Moscoso fue cuna dichosa

De este modo reza uno de los dísticos que sobre cartelas y frisos aparece en la parte derecha de la fachada principal de su palacio. Arequipa fue su cuna, ciudad fundada por orden de Pizarro el 15 de agosto de 1540. Partícipe de tal evento fue Diego de Peralta, ascendiente de nuestro biografiado, junto con 95 familias españolas y algunas de indios, unidos a ellos, y que bautizaron su asentamiento con el nombre de Villa Hermosa.

De su amplio y dilatado currículum, destacaremos que estudió en su ciudad natal bajo tutela franciscana. Desempeñó los cargos de Regidor Perpetuo, Alcaide ordinario y Alférez Real, cargo este último en el que sucedió a su padre el 14 de agosto de 1736, tras la muerte del mismo el 1º de octubre de 1733, distinción honorífica vinculada a sus antepasados, que lo fueron de Arequipa.

En el año 1750 contrae matrimonio con Dª Nicolasa Rivero y Salazar, de cuya unión nace el 20 de julio de 1751 Manuel José. Sin embargo, corta fue la dicha de los desposados y duro el golpe que le asesta la mala fortuna, al morir a los 5 días la madre, y a las pocas semanas, seguirle el recién nacido a la tumba. Sus profundas convicciones religiosas aliviaron tan desventurado desenlace y le llevaron a abrazar en su resignación cristiana los hábitos de sacerdote en 1754. En esta nueva singlatura toma posesión del curato del pequeño pueblo de Moquegua en 1755. Ya en 1762 ocupa por oposición la vacante de Magistral de la Catedral de Arequipa. Es tesorero en 1754 y Maestrescuela en 1766; Examinador Sinodal, Obispo Auxiliar y promovido a Arcediano el 4 de febrero de 1767. Desempeñó igualmente los cargos de Vicario General, Visitador General, Comisario y Juez Apostólico de la Santa Cruzada y la Inquisición. Más tarde ocupó la silla de Obispo auxiliar en Arequipa, siendo titular en Tricomi, y con carácter de Primada de las Américas, de la de Cuzco, tomando posesión de la misma el 24 de diciembre de 1779.

De Moscoso en América el esmero
con tres....... premió Carlos Tercero<

Siempre se ha sostenido que tal cartela, situada como la anterior en la fachada principal de su palacio, alude en su parte ilegible a las "mitras" que desempeñó en Tricomi, en Córdoba del Tucumán y Cuzco.

En 1870 estalla en la provincia de Tinta la sublevación de Tungasuca José Gabriel Condorgaqui (Tupac Amaruc), estando a punto, con 80000 hombres de apoderarse de la ciudad de Cuzco y consecuentemente poner en serio peligro el dominio de la metrópoli.

Pascual Muñoz nos dice que " este arzobispo ascendía de una familia ilustre y poderosísima en la América Meridional. Fue obispo de Tucumán y Cuzco. Sospechando el Gobierno español que él había fomentado la insurrección en este país, en la cual figuró el cacique Tupac Amaruc, le hizo venir a España y le agració, para alejarle de América, con la Mitra de Granada. Algunos aseguran que no fueron fundadas sus sospechas que contribuyó con sus considerables rentas y con su prestigio a la derrota de los insurgentes".

De otra parte, y según referencias del Virrey Jáuregui, en sesiones celebradas los días 11, 14, 20 y 31 de diciembre " se determina llamar la atención de la Junta de Guerra del Cuzco por sus disensiones..... y expresar las más rendidas gracias al Arzobispo Moscoso por sus desvelos en la indemnidad de la religión y en la conservación de los reales dominios y de la tranquilidad pública".

En similares términos, personalmente se expresaba nuestro prelado ante la Corte de Carlos IV, tras embarcar el 5 de abril de 1785 rumbo a España: "..... se vindicó tan brillantemente de los cargos que se le habían hecho que mereció del Rey una amplia satisfacción". En efecto, por Decreto de marzo de 1789 "....el Rey quedaba satisfecho" y como prueba que "salvara su reputación" decidió presentarlo como Arzobispo de Granada el 8 de marzo de 1789 y "que se considerase fenecida la causa pendiente". Fruto igualmente de tal satisfacción fue la Gran Cruz de la Real y distinguida Orden española de Carlos III:

La España premia así con francas manos
el mérito y virtud de sus vasallos.

A pesar de controvertidas opiniones, y en palabras de Luis Cúneo Harrisón, DJuan Manuel fue un hombre de noble corazón, exquisita cultura y elevado espíritu:

"Varón eminete por sus virtudes cívicas, sacerdote ejemplar por sus acendrados sentimientos de caridad y amor al prójimo; espíritu clarividente y fecundo por su constante preocupación generosa a favor de la juventud, por su infatigable celo de cultura, por su obstinado empeño en dejar como legado imperecedero de ciencia y de amor una casa espiritual bienhechora y magnífica:esta Universidad". Se refería a la Universidad de Arequipa, donde leyó esta líneas el 30 de abril de 1922 en su Tesis doctoral.

El 28 de noviembre de 1789, toma posesión de la Archidiócesis granadina este hombre, quedando, tras su muerte acaecida en 1811, muestras tanto materiales como espirituales de su buen hacer y benevolencia. Sus iniciativas y misericordia no tuvieron parangón allende los mares, en su Perú natal, en la diócesis granadina y en el pueblo de Víznar, donde se propuso construir este Palacio Arzobispal conocido hoy por el Palacio del Cuzco.